Удалить сабмодуль git

• Удалить модуль из .gitmodules
• Выполнить команду git add .gitmodules
• Удалить модуль из .git/config
• Выполнить команду git rm -rf --cached path_to_submodule
• Выполнить команду rm -rf path_to_submodule

Можно и так: http://stackoverflow.com/a/7646931

update:
Нашел идеальное решение — в файл ~/.gitconfig добавить алиас:

[alias]
    rms = "!f(){ git config -f .gitmodules --remove-section \"submodule.$1\";git add .gitmodules; git config -f .git/config --remove-section \"submodule.$1\";git rm -rf --cached \"$1\";rm -rf \".git/modules/$1\";rm -rf \"$1\"; }; f"

Теперь просто

git rms SUBMODULE

Идея пришла отсюда: http://stackoverflow.com/questions/1260748/how-do-i-remove-a-git-submodule